חברת התעופה אל על מפעילה טיסות ישירות מישראל אל יפן בתדירות של כ-2 טיסות שבועיות. החברה מפעילה מחלקות אקונומי, פרימיום וביזנס, ומשלבת שירותי אוכל ובידור מותאמים לאורך הטיסה. הטיסות מאפשרות גישה נוחה אל אחד היעדים המרתקים והיפהפיים . בתקופות ביקוש גבוה, אל על מגבירה את תדירות הטיסות כדי להעניק גמישות מרבית לנוסעים. כחברת הדגל של ישראל, אל על מתחייבת לסטנדרטים גבוהים של בטיחות ושירות, ושואפת להבטיח חווית נסיעה חלקה, נעימה ובטוחה